Funkcją grup zabezpieczających jest izolowanie określonych grup funkcyjnych podczas procesu syntezy, zabezpieczanie ich przed zakłóceniami i usuwanie grup zabezpieczających dopiero po zakończeniu określonych reakcji w celu przywrócenia aktywności cząsteczki docelowej. Proces usuwania grup ochronnych zwykle wymaga łagodnych warunków, aby uniknąć uszkodzenia cząsteczki docelowej. Przykładowo, metoda usuwania ROH z chronionych alkoholi polega zwykle na wytworzeniu eterów (ROR') lub estrów (ROCOR'), a następnie ich hydrolizie lub zakwaszeniu w odpowiednich warunkach.
Podsumowując, rola grup zabezpieczających w syntezie PNA jest kluczowa, ponieważ zapewnia efektywną syntezę złożonych cząsteczek, pozwala uniknąć reakcji niedocelowych, a w razie potrzeby można je selektywnie usunąć w celu uzyskania oczyszczonych produktów PNA.