Istnieją dwie główne metody syntezy bibliotek peptydów: metoda monomerowa i metoda submonomerowa.
Metoda monomerowa
Metoda monomerowa jest tradycyjnym podejściem do syntezy bibliotek peptydów. W tej metodzie wszystkie zabezpieczone monomery muszą zostać najpierw zsyntetyzowane, a proces syntezy każdego zabezpieczonego monomeru jest uciążliwy i czasochłonny.
Metoda monomerów wtórnych
Metoda monomerów wtórnych nie wymaga monomerów z zabezpieczonymi grupami alfa-aminowymi. Metoda ta składa się z dwóch etapów: podstawienia nukleofilowego, po którym następuje acylacja. Metoda submonomerowa pozwala na zastosowanie dowolnej dostępnej na rynku lub syntetycznie aminy, o ogromnym potencjale chemii kombinatorycznej.