Po zrozumieniu przyczyn niestabilności peptydów, na podstawie wieloletniego doświadczenia w syntezie peptydów, potwierdzono, że istnieją następujące rozwiązania poprawiające stabilność peptydów.
1) Mutacja ukierunkowana na miejsce
Zastąpienie reszt powodujących niestabilność peptydu lub wprowadzenie reszt zwiększających stabilność peptydu poprzez inżynierię genetyczną może poprawić stabilność peptydu.
2) Modyfikacja chemiczna
Istnieje wiele metod modyfikacji chemicznej peptydów, przy czym najczęściej badaną jest modyfikacja PEG. PEG to rozpuszczalny w wodzie związek polimerowy, który ulega biodegradacji i jest nietoksyczny in vivo. PEG może poprawiać rozpuszczalność peptydów po związaniu, regulować biokompatybilność, zwiększać stabilność termiczną, przeciwdziałać degradacji proteaz, zmniejszać antygenowość i przedłużać okres półtrwania in vivo. Wybór odpowiednich metod modyfikacji i kontrolowanie stopnia modyfikacji może poprawić sprawność fizyczną lub wzmocnić pierwotną aktywność biologiczną.
3) Dodatki
Dodając dodatki, takie jak cukry, poliole, żelatyna, aminokwasy i niektóre sole, można poprawić stabilność peptydów. Cukier i poliole zmuszają więcej cząsteczek wody do otoczenia białek przy niskich stężeniach, poprawiając w ten sposób stabilność peptydów. W procesie liofilizacji w/w substancje mogą również zastępować wodę i tworzyć wiązania wodorowe z peptydami stabilizując ich naturalną konformację, a także mogą zwiększać temperaturę zeszklenia produktów liofilizowanych. Ponadto środki powierzchniowo czynne, takie jak SDS, Tween, Pluronic, mogą zapobiegać adsorpcji, agregacji i wytrącaniu peptydów na powierzchni.
4) Liofilizacja
Szereg reakcji chemicznych zachodzących w peptydach, takich jak deamidacja, beta eliminacja, hydroliza itp., wymaga udziału wody, która może również służyć jako faza ruchoma dla innych reagentów. Ponadto zmniejszenie zawartości wody może zwiększyć temperaturę denaturacji peptydów. Dlatego liofilizacja może poprawić stabilność peptydów.