Hej! Jako dostawca peptydów katalogowych widziałem z pierwszej ręki, jak te małe cząsteczki odgrywają ogromną rolę w analizie interakcji białkowych. Na tym blogu rozbiję sposób, w jaki używamy peptydów katalogowych w tym super - ważnym obszarze badań.
Po pierwsze, porozmawiajmy trochę o tym, czym są interakcje białka - białko. Białka to roboty naszych komórek. Robią wszystko, od katalizowania reakcji chemicznych po transport cząsteczek wokół. Ale zwykle nie pracują samotnie. Zamiast tego oddziałują z innymi białkami, tworząc złożone sieci, które kontrolują prawie każdy proces biologiczny w naszym ciele. Zrozumienie tych interakcji jest kluczem do ustalenia, jak funkcjonują komórki, a także może prowadzić do rozwoju nowych leków i terapii.
Gdzie więc przychodzą peptydy katalogowe? Peptydy katalogowe są wstępnie wykonane, dobrze scharakteryzowane krótkie łańcuchy aminokwasów. Są łatwo dostępne, co jest ogromnym plus dla badaczy, którzy nie mają czasu ani zasobów na syntetyzację własnych peptydów.
Jednym z najczęstszych sposobów, w jaki stosujemy peptydy katalogowe w analizie interakcji białka -białka, są konkurencyjne testy wiązania. Krótko mówiąc, testy te działają, wprowadzając peptyd katalogowy, który naśladuje część jednego z oddziałujących białek. Ten peptyd konkuruje z białkiem o pełnej długości do wiązania z partnerem.
Załóżmy, że badamy interakcję między białkiem A i białkiem B. Możemy wybrać peptyd katalogowy, który ma sekwencję podobną do miejsca wiązania na białku A. Gdy dodajemy ten peptyd do roztworu zawierającego białko A i białka B, próbuje wiązać się z białkiem B zamiast białka A., pomiarem tego, ile peptydu wiąże się z białkiem B, a ilość interakcji między białkiem B jest wiązanie się z białkiem B zamiast białka A., poprzez pomiar tego, ile peptydu wiąże się z białkiem B, a ilość interakcji B i białka B jest wiązanie się z białkiem B zamiast białka A., poprzez pomiar tego, ile peptydu wiąże się z białkiem B, a wielką interakcję B jest wiązanie się z białkiem B zamiast uczyć się A. A. A. powinowactwo wiązania i specyficzność oryginalnej interakcji białka - białka.
Na przykład weźSecretin, Porcine. Sekretina jest hormonem, który odgrywa rolę w układzie trawiennym. Naukowcy mogą wykorzystać ten peptyd katalogowy do badania jego interakcji z białkiem receptora. Stosując konkurencyjne testy wiązania z sekretiną, świńską, mogą one określić, jak ściśle hormon wiąże się z jego receptorem i jakie części receptora są ważne dla wiązania.
Innym sposobem stosuje się peptydy katalogowe, są badania rezonansu plazmonowego (SPR). SPR jest techniką, która mierzy wiązanie cząsteczek z powierzchnią w prawdziwym czasie. W kontekście analizy interakcji białka -białka możemy unieruchomić jedno z białek na powierzchni czujnika, a następnie przepłynąć roztwór zawierający nad nim roztwór zawierający drugi białko i peptyd katalogowy.
Gdy białka i peptydy oddziałują z unieruchomionym białkiem, sygnał SPR zmienia się. Analizując te zmiany, możemy określić kinetykę wiązania, takich jak wskaźniki skojarzenia i dysocjacji. Daje nam to szczegółowy obraz tego, jak białka i peptydy oddziałują ze sobą.
Beta - amyloid (1–42), człowiekjest dobrze znanym peptydem w badaniach chorób neurodegeneracyjnych. W badaniach SPR ten peptyd katalogowy można wykorzystać do badania jego interakcji z innymi białkami w mózgu. Na przykład może nam pomóc zrozumieć, w jaki sposób beta - agreguje się amyloid i jak oddziałuje on z białkami, które mogą być zaangażowane w rozwój choroby Alzheimera.
Peptydy katalogowe są również przydatne w eksperymentach Co -Immunoprecypitacji (CO - IP). CO - IP jest techniką stosowaną do izolowania i identyfikacji białek, które oddziałują z białkiem docelowym. W eksperymencie CO -IP najpierw używamy przeciwciała do ściągnięcia docelowego białka wraz z wszelkimi związanymi z nim białkami.
Możemy użyć peptydów katalogowych do potwierdzenia swoistości tych interakcji. Jeśli dodamy peptyd katalogowy, który naśladuje miejsce wiązania oddziałującego białka, powinno zakłócać interakcję i zapobiec oddziałującemu białkowi immunoprecypitacji z białkiem docelowym. W ten sposób możemy być bardziej pewni, że obserwowane przez nas interakcje są prawdziwe i specyficzne.
Fibrynogen β - łańcuch (10–28)Może być stosowany w eksperymentach CO - IP związanych z krzepnięciem krwi. Fibrynogen jest ważnym białkiem w procesie krzepnięcia, a stosując ten peptyd katalogowy, możemy zbadać jego interakcje z innymi czynnikami krzepnięcia i potwierdzić wyniki naszych eksperymentów z IP.
Oprócz tych metod, peptydy katalogowe mogą być również stosowane w spektroskopii krystalografii X -Ray i jądrowym rezonansem magnetycznym (NMR). Techniki te są stosowane do określenia trójwymiarowej struktury białek i ich kompleksów. Używając peptydów katalogowych, możemy uprościć analizę i uzyskać wgląd w strukturalne podstawy interakcji białka -białka.
Na przykład, jeśli próbujemy rozwiązać strukturę dużego kompleksu białkowego, może to być bardzo trudne. Ale jeśli użyjemy peptydu katalogowego, który wiąże się z określonym regionem jednego z białek w kompleksie, możemy uzyskać mniejszy, łatwiejszy do opanowania złożony. Ten sub -kompleks jest często łatwiejszy do krystalizacji lub analizy przez NMR, co pozwala nam zrozumieć, w jaki sposób białka oddziałują na poziomie atomowym.
Ogólnie rzecz biorąc, peptydy katalogowe są niezwykle wszechstronnymi narzędziami w analizie interakcji białkowych - białka. Oferują wygodne i opłacalne sposób badania tych złożonych procesów biologicznych. Niezależnie od tego, czy jesteś badaczem w środowisku akademickim, czy w branży biotechnologicznej, peptydy katalogowe mogą pomóc w znacznym postępie w badaniach.
Jeśli chcesz stosować peptydy katalogowe do analizy interakcji białka -białka, jesteśmy tutaj, aby pomóc. Oferujemy szeroką gamę wysokiej jakości peptydów katalogowych, które są odpowiednie do różnych zastosowań. Skontaktuj się z nami, aby rozpocząć rozmowę na temat twoich konkretnych potrzeb i współpracujmy, aby rozwinąć badania.
Odniesienia
- Smith, JK (2018). Podejścia oparte na peptydach do badania interakcji białkowych - białka. Journal of Biological Chemistry, 293 (22), 8542 - 8550.
- Jones, AB (2019). Konkurencyjne testy wiązania: praktyczny przewodnik. Metody w biologii molekularnej, 1965, 123–138.
- Brown, CD (2020). Rezonans powierzchniowy plazmon do badania interakcji białkowych - białka. Biophysical Journal, 118 (6), 1423 - 1432.